El edificio que alberga El Búho Eatery fue mandado construir por el entonces gobernador Cristóbal de Ovalle en 1585, para servir a la colonia como establo y vivienda para sus trabajadores. Adyacente a la propiedad donde ahora se encuentra la estructura de dos pisos había un pasto que se extendía hasta el muro protector frente al mar.
Unos meses después de que se completó el edificio, la ciudad de Santo Domingo fue saqueada por el pirata inglés Sir Francis Drake. El primer teniente de Drake, Christopher Carleill, ocupó la propiedad como su residencia durante el asedio de 3 días.
El nombre El Búho precedió al restaurante cuando durante la restauración de la propiedad en 2006 apareció un búho llanero y se instaló en el jardín, el árbol detrás de la casa. El cuidador de la propiedad le tenía miedo a la lechuza y expresó su preocupación a los dueños de la propiedad, Robert y Rose. Sin tener en cuenta los miedos supersticiosos del hombre, Robert le dijo: "La lechuza estuvo aquí antes que tú, es su casa" y así nació el nombre El Búho.
